[RECHERCHE] Un test PCR sur prélèvement oropharyngé pour diagnostiquer une pneumonie opportuniste chez les patients immunodéprimés ? Une étude du CHU de Bordeaux en précise les performances.

Une étude publiée dans la revue Medical Mycology montre qu'un test PCR réalisé à partir d'un prélèvement oropharyngé recueilli par gargarisme pourrait contribuer au diagnostic de la pneumocystose, une infection pulmonaire potentiellement grave chez les personnes immunodéprimées. Non invasif, ce test présente une forte spécificité, mais un résultat négatif ne permet pas d'exclure l'infection.
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Un test PCR sur prélèvement oropharyngé pour diagnostiquer une pneumonie opportuniste chez les patients immunodéprimés
La pneumocystose est une infection pulmonaire provoquée par le champignon Pneumocystis jirovecii. Elle représente une cause importante de complications respiratoires chez les personnes immunodéprimées, notamment après une transplantation d'organe, en cas de maladie hématologique ou lors de traitements immunosuppresseurs.

Son diagnostic repose habituellement sur l'analyse de prélèvements respiratoires profonds, qui peuvent nécessiter des examens invasifs, comme une fibroscopie bronchique avec lavage bronchoalvéolaire. Dans ce contexte, des équipes du CHU de Bordeaux ont évalué les performances d'un test PCR réalisé à partir d'un simple prélèvement buccal par rinçage de la bouche avec du sérum physiologique.

Publiés le 13 août 2026 dans la revue scientifique Medical Mycology, ces travaux ont été menés par Isshak Bendjelloul, interne, et la Dre Elodie Blanchard, service de pneumologie, hôpital Haut-Lévêque - CHU Bordeaux, avec la contribution de professionnels de plusieurs services du CHU en particulier Dr Sébastien Imbert et Pre Hannah Kaminski. Cette publication illustre la dynamique de recherche collaborative impulsée notamment par le consortium SOT-BIG (Solid Organ Transplant-Bordeaux Infectious Group), qui fédère les expertises autour des infections chez les patients transplantés d'organes et contribue à renforcer les synergies entre équipes cliniques et de recherche au sein du CHU de Bordeaux.

Un test non invasif aux résultats encourageants

Cette étude rétrospective a porté sur 134 patients immunodéprimés non infectés par le VIH, pris en charge au CHU de Bordeaux entre janvier 2022 et mai 2025 pour une infection respiratoire basse et ayant bénéficié à la fois d'un test PCR sur prélèvement oropharyngé et d'une analyse d'un prélèvement respiratoire profond. Parmi ces patients, 26 ont été diagnostiqués comme présentant une pneumocystose. Les résultats montrent que la PCR réalisée sur prélèvement oropharyngé présente :
 
  • Une spécificité de 97,2 % : le test identifie correctement les patients ne présentant pas l'infection dans la grande majorité des cas.
  • Une sensibilité de 61,5 % : le test détecte un peu plus de six infections sur dix dans la population étudiée.
  • Des valeurs prédictives positive et négative respectivement de 84,2 % et 91,3 % : si le test est positif, il y a environ 84 % de chances que le patient ait réellement une pneumocystose ; s'il est négatif, 91 % de chances que le patient ne présente pas de pneumocystose.


Ces résultats suggèrent donc qu'un test positif, interprété en tenant compte du contexte clinique et radiologique, peut constituer un argument important en faveur du diagnostic de pneumocystose. Il pourrait ainsi contribuer à limiter le recours à des examens invasifs, chez certains patients (tels que le lavage broncho-alvéolaire), lorsque la situation clinique le permet.

Un résultat négatif ne suffit pas à écarter le diagnostic

Les chercheurs soulignent toutefois une limite essentielle : la sensibilité du test reste modérée. Dans cette étude, 10 des 26 patients diagnostiqués avec une pneumocystose avaient un résultat négatif sur le prélèvement oropharyngé.
Un résultat négatif ne permet donc pas d'exclure l'infection. En cas de suspicion clinique persistante, des investigations complémentaires restent nécessaires, selon l'état du patient et l'évaluation médicale.
Une recherche pluridisciplinaire au service des patients
Cette étude mobilise des compétences complémentaires en pneumologie, infectiologie, transplantation, réanimation et parasitologie-mycologie. Elle illustre l'importance de la collaboration entre spécialités pour améliorer les stratégies diagnostiques chez les patients les plus vulnérables.
Ces travaux ouvrent ainsi une perspective intéressante pour le diagnostic non invasif de la pneumocystose chez les patients immunodéprimés, tout en rappelant la nécessité d'interpréter les résultats biologiques dans leur contexte clinique. Des études prospectives de plus grande ampleur seront nécessaires pour confirmer ces observations.

Référence 
« Oral wash PCR for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii pneumonia in non-HIV immunocompromised hosts: a diagnostic accuracy study », Medical Mycology : 
https://doi.org/10.1093/mmy/myag086 

Information du 27 octobre 2026